对于新购置的玻璃滤器，在使用前应先以热盐酸或铬硫酸进行一次抽滤，并随即用蒸馏水冲洗干净，以除去滤器中可能存在的灰尘杂质。
每次用毕或使用一定时间后都须进行有效的洗涤处理以免因沉淀物堵塞滤孔而影响过滤功能。对6号于除菌滤器每次使用后应立即用有效洗涤液进行一次抽滤，当抽至溶液尚未滤尽前，取下该滤器浸入洗涤液中约48小时 (滤片的两面均应接触溶液)，取出后用热蒸馏水抽滤冲洗，然后烘干。
各种化学洗涤液的配制可参考下表
沉淀物 | 洗涤液 |
脂肪、脂膏 | 四氯化碳或其他适当的有机溶剂。 |
白朊粘胶、葡萄糖 | 盐酸、热氨、5-10%碱液或热硫酸和硝酸的混合液。 |
有机物质 | 混有重铬酸盐的温热浓硫酸或含有少量硝酸钾和高氯酸钾的浓硫酸，放置过夜。 |
氯化亚铜、铁斑 | 混有氯酸钾的热浓盐酸。 |
硫酸钡 | 100℃浓硫酸。 |
汞渣 | 热浓硝酸。 |
硫化汞 | 热王水。 |
氯化银 | 氨或硫代硫酸钠的溶液。 |
铝质和硅质残渣 | 先用2%氢氟酸继用浓硫酸洗涤，立即用蒸馏水再用丙酮漂洗，重复漂洗至无酸痕为止。 |
细菌 | 化学纯浓硫酸5.72毫升，化学纯硝酸钠2.00克和蒸馏水94毫升，充分混合均匀。 |
玻璃器的滤片厚度是根据流速和一定的机械强度而设计的。因此，无论在承受正压或负压时，都须注意不使滤片两面的压力差超过1公分 /厘米2。同时，由于滤器的造型特殊以及滤片边缘与外壳相互焊接，故在加热或冷却时必须缓慢进行。
玻璃滤器不宜用于过滤浓氢氟酸、热浓磷酸热或冷的浓碱液。这些试剂能溶解滤片的颗粒，以致滤孔扩大，或滤片脱裂，使用时请注意。